Copre una superficie di 7.442 ettari: il territorio ricade nei comuni di Assisi, Nocera Umbra, Spello e Valtopina. II Parco comprende interamente l'area del monte Subasio e la città di Assisi. Per tale motivo e per il fatto che tutto il monte è ricco di memorie francescane, di romitori, di rifugi in cui i confratelli del Poverello di Assisi si rifugiavano in preghiera, è anche considerato il Parco di San Francesco. Dal punto di vista vegetazionale si distinguono tre zone: una, quella più in basso, è contraddistinta da estese coltivazioni di olivi. La fascia mediana presenta boschi di latifoglie tra cui emergono la lecceta dell'Eremo delle Carceri e la faggeta di Macchione. La parte alta è contraddistinta da boschi di aghifoglie e da pascoli montani. Tra le specie faunistiche, tutte ampiamente rappresentate, si registra soprattutto una grande varietà di uccelli. Sono cosi chiamate le fonti che si aprono lungo il fianco del monte e che hanno origine dai calcari del Subasio. Qui la permeabilità dei terreni permette di accogliere le precipitazioni meteoriche e poi restituirle più a valle sotto forma di sorgenti. Le loro acque, generalmente, confluiscono nel torrente Chiona e nel Tescio. II Subasio è caratterizzato da evidenti fenomeni carsici che danno luogo a doline, fessurazioni, affossamenti e cavità sotterranee.Tra queste ci sono i mortari, avvallamenti a forma di conca. I principali sono il Mortaro Grande, il Mortaiolo e il Mortaro delle Trosce. Presso l'eremo delle Carceri si trova un orrido, pure di origine carsica, così come lo sono le numerose grotte che si aprono lungo il fianco del monte e che furono frequentate dagli eremiti.