Il Museo delle navi antiche di Pisa è un museo archeologico in corso di allestimento. Nel dicembre del 1998, in occasione dei lavori per la costruzione di uno snodo ferroviario, sono emerse tracce di antiche imbarcazioni, resti di un porto urbano in perfetto stato di conservazione. La mancanza di ossigeno e di falde sotterranee, infatti, ha evitato il deterioramento di questi reperti. Fino a un po' di tempo fa il Il cantiere era diventato un vero e proprio museo con lo scopo di avvicinare anche i "non addetti ai lavoro" alle attività di scavo e di restauro: l'area era visitabile anche durante le attività lavorative fino al 26 luglio 2010. Il percorso di visita conduceva i visitatori negli spazi in cui le grandi navi vengono restaurate e preparate per la futura esposizione, mentre nelle vetrine sono mostrati i reperti emersi dalle più recenti indagini. Oggi non è più possibile visitarlo ma a fine lavori, le navi dovrebbero essere portate negli Arsenali Medicei.