Con la costituzione di Firenze a libero Comune e la creazione della figura del Capitano del Popolo, venne costruito il palazzo più tardi detto del Bargello. Il primo nucleo, affacciato su via del Proconsolo, già iniziato nel 1255, venne realizzato secondo Giorgio Vasari da Lapo Tedesco, inglobando il vecchio Palagio, la torre dei Boscoli e alcune case e torri della Badia Fiorentina, tra il 1340 e il 1445 l'edificio venne rialzato da Neri di Fioravante. Ampliato successivamente con un nuovo edificio su via dell'Acqua tra il 1260-80, nel 1295 venne realizzato il cortile porticato, tra il 1316 e il 1320 venne rialzato sui lati di via Ghibellina e via dell'Acqua. Alla metà del Trecento divenne sede anche del Podestà. Con l'instaurarsi dell’egemonia medicea nella seconda metà del Quattrocento, divenne prima la sede del Consiglio di Giustizia e dei Giudici di Ruota e dal 1574, sotto il duca Cosimo I de' Medici, sede del Bargello, ovvero il capo delle Guardie o di Piazza, che provvedeva agli arresti, interrogatori e provvedeva anche ad eseguire le condanne capitali. La figura del Podestà come gabelliere generò poi una frase idiomatica divenuta famosa: Ecco fatto il becco all'oca (e le corna al Podestà).

La storia del museo

Nei quasi tre secoli in cui venne adibito a carcere, nel cortile furono murati gli archi del loggiato e del verone, le sale più grandi vennero suddivise con tramezzi per ricavarne un maggior numero di celle e furono coperte le pitture e le decorazioni. Nel 1865 venne inaugurato il Museo Nazionale e al piano terra vennero allestite due sale d'armi, con oggetti provenienti in parte dall'armeria medicea e dall'altra dal Guardaroba di Palazzo Vecchio e una sala di scultura del Quattro-Cinquecento. Nel salone del primo piano trovarono posto le sculture proveniente dal salone dei Cinquecento in Palazzo Vecchio; successivamente, dagli Uffizi giunsero sia le sculture in bronzo e marmo, sia le collezioni di arti applicate: maioliche, cere, ambre, avori, oreficerie, smalti e bronzetti, alcune di queste trasferite nel 1928 al Museo degli Argenti. Altri materiali affluirono sia da donazioni e prestiti di privati che da pubbliche istituzioni: dall'Archivio di Stato i sigilli e dalla Zecca le monete. Infine, a seguito dell'Unità d'Italia e delle conseguenti soppressioni di ordini monastici giunsero robbiane, sculture e oreficerie sacre. Del 1888 è la donazione della raccolta dell'antiquario lionese Louis Carrand, del 1886 è la donazione Conti, del 1899 la Ressman e del 1906 la Franchetti arricchendo il settore delle arti applicate. Duramente colpito dall'alluvione del 1966, ha subito una serie di rammodernamenti e spostamenti. Sul Canto del Bargello all'angolo con via Ghibellina si trova, inglobata nel fianco del palazzo, la torre denominata "Volognana", che raggiunge l'altezza di 57 metri. La torre, nei cui sotterranei ebbe per secoli angusto spazio la prigione, venne così chiamata dal nome di Geri da Volognano, uno dei primi carcerati che vi furono rinchiusi. Alla sommità è posta la campana chiamata dai fiorentini "la Montanina" che suonava sempre in funeste occasioni come per richiamare i giovani alle armi, o per annunciare esecuzioni capitali, o in caso di sollevazioni e tafferugli che generavano sempre feriti e morti. Il Cortile, porticato su tre lati con archi a tutto sesto su pilatri ottagonali, venne realizzato nel XIII secolo e arricchito nel secolo successivo dal verone e dalla scala goticheggianti, quest'ultima, costruita su lato non porticato, da Neri di Fioravanti tra il 1345 e il 1367. L'allestimento presenta sculture provenienti da Palazzo Vecchio e dai giardini di Boboli e Castello. Al centro del cortile si trova un grazioso pozzo ottagonale e qui si trovano esposti anche alcune pregevoli statue in marmo, come le sei sculture allegoriche di Bartolomeo Ammannati (Firenze, l'Arno, l'Arbia, la Terra la Temperanza e Giunone), l'Oceano del Giambologna, alcuni rilievi di Benedetto da Maiano e il cosiddetto cannone di San Paolo, di Cosimo Cenni (1638).